Марқакөл ауданы 1928 жылғы 17 қаңтарда Зайсан уезінің Дарственный және Шекара болыстарының бөліктерінен құрылды (1928 жылы 3 қыркүйекте БОАК бекіткен).
Ауылдық кеңестері: Боран, Черняевка, Горный, Успенский, Чумекский, Алексеевка, Архиповский, ауылдық кеңестер: Чигировский, Қалжыр, Терсай.
БОАК-тың 1930 жылғы 23 шілдедегі Қаулысымен Қазақстанда аумақтық бөлініс жойылып, аудандық бөлініс енгізілді, оның негізіне ірілендірілген аудандар салынды. Осыған байланысты Марқакөл ауданы таратылып, оның аумағы Зайсан және Катонқарағай аудандарының құрамына кірді.
Қазақ КСР Жоғарғы Кеңесі Төралқасының 1939 жылғы 16 қазандағы Жарлығымен Зайсан және Катонқарағай аудандарын бөлшектеу есебінен Марқакөл ауданы құрылды. Ауылдық кеңестер: Алексеевка, Архиповский, Горный, Қалжыр, Успен, Чигировский, Бобровский, Бугумуюзовский, Орловский, Пролетарский.
Қазақ КСР Жоғарғы Кеңесі Төралқасының 1954 жылғы 13 тамыздағы Жарлығымен келесі ауылдық кеңестер біріктірілді: Успенский және Алексеевский – Алексеевский, Бугумуюзовский және Орловский –Орловский, Қалжырмен Чигировский-Чигировскийге.
Қазақ КСР Жоғарғы Кеңесі Төралқасының 1957 жылғы 26 қыркүйектегі Жарлығымен келесі ауылдық кеңестер біріктірілді: Бобровский,Орловский және Пролетарский – Бобровскийге, Бурановский және Чигировский -Бурановский, Горныймен Архиповский-Горный.
Қазақ КСР Жоғарғы Кеңесі Төралқасының 1963 жылғы 2 қаңтардағы Жарлығымен аудантаратылып, аумақ Күршімауылдық ауданының құрамына енді. Қазақ КСР Жоғарғы Кеңесі Төралқасының 1964 жылғы 31 желтоқсандағы Жарлығымен ауылдық және өнеркәсіптік аудандарға бөлу жойылды. Жаңадан құрылған Марқакөл ауданына Күршім ауданының құрамынан Алексеевский, Бобровский, Бурановский, Горный ауылдық кеңестері берілді.
Шығыс Қазақстан облыстық атқару комитетінің 1967 жылғы 12 шілдедегі № 353 шешімімен Қазақ КСР Министрлер Кеңесінің 1967 жылғы 29 мамырдағы қаулысына сәйкес Черняев ауылдық кеңесі құрылды.
Қазақ КСР Жоғарғы Кеңесі Төралқасының 1972 жылғы 28 маусымдағы Жарлығымен Қарой ауылдық кеңесі құрылды.
Қазақстан Республикасы Президентінің 1997 жылғы 23 мамырдағы Жарлығымен аудан таратылып, аумақ Күршім ауданының құрамына енді.
2023 жылғы 30 тамызда аудан орталығы Марқакөл ауылында орналасқан Марқакөл ауданы төртінші рет құрылды.
https://www.gov.kz/memleket/entities/kgd?lang=kk
